- 生物信息学与功能基因组学(原著第3版)(精)
- - 作者：(美)乔纳森·佩夫斯纳|责编:邵桂林|译者:田卫东//赵兴明
  - 出版社：化学工业
  - ISBN：9787122344106
  - 出版日期：2020/01/01
  - 页数：922
- 售价：119.2

内容大纲
    《生物信息学与功能基因组学》先前的版本受到了广泛的欢迎，它为这一爆炸性的新学科提供了最广泛的介绍。本书已经进行了彻底的更新和扩展，它仍然是学生、教师和希望对生物信息学和基因组学的跨学科领域有所了解的专业人士的“首选”资源。
    在这个快速发展的领域中，采用了最新的方法和概念，本书的更新包括：
    对内容大规模的修订和重新组织，以方便教学和学习；
    增加了介绍下一代测序的新章节；
    提供了一个扩展的相关网站，由作者维护，提供完整的生物信息学教学课程，并经常对信息进行更新；
    更加强调计算方法，对软件工具如何工作以及命令行工具如何使用有清晰明确的指导，例如用于下一代序列分析软件，R编程语言和NCBI搜索工具。
    本书还辅以丰富的插图和500多个图片和表格，其中许多是为本书新创建的，使得更加清晰和容易理解。每章都包含学习目标和知识框，说明关键技术以及相关数学和统计学的原理、观点和需要注意的部分、讨论问题、计算机问题、多项选择测验、推荐阅读材料和可免费获得的软件列表。教师可以访问本书的配套网站，以获取补充信息，例如每章末尾的问题答案以及书中的所有图表，以供教学使用。本书作者还创建了一个网站，为学生和教师提供了大量的相关资源。
    本书是一部优秀的单本教材，适用于生物科学和计算机科学领域的本科生和研究生入门课程。对于使用生物信息学和基因组学工具研究特定问题的生物学家、开发计算机算法和数据库的生物信息学家和计算机科学家以及想要了解病毒、细菌、寄生虫或其他疾病基因组基础的医学研究人员和临床医生而言，本书也是不可或缺的资源。
作者介绍
目录
第1部分  DNA、RNA和蛋白质序列的分析
  第1章  引言
    1.1  本书的组织架构
    1.2  生物信息学：全景
    1.3  各章节的组织架构
    1.4  对学生和教师的建议：练习，寻找一个基因，研究一个基因组
    1.5  生物信息学软件：两种风格
    1.6  生物信息学和其他信息学学科
    1.7  对学生的建议
  第2章  序列数据的获取和相关信息
    2.1  生物数据库的入门介绍
    2.2  集中存储DNA序列的数据库
    2.3  DNA、RNA和蛋白质数据库
    2.4  信息的获取：用于标记和鉴别序列的索引编号
    2.5  利用NCBI的基因资源进行基因信息的获取
    2.6  使用命令行进行NCBI数据的获取
    2.7  信息的获取：基因组浏览器
    2.8  如何获取序列数据的例子：单个基因/蛋白质
    2.9  生物医学文献的获取
    2.10  展望
    2.11  常见问题
    2.12  给学生的建议
    2.13  网络资源
  第3章  双序列比对
    3.1  引言
    3.2  打分矩阵
    3.3  在双序列比对中，PAM矩阵的实用性
    3.4  比对算法：全局和局部
    3.5  双序列比对的统计显著性
    3.6  展望
    3.7  常见问题
    3.8  给学生的建议
    3.9  网络资源
  第4章  局部比对搜索基本工具BLAST
    4.1  引言
    4.2  BLAST搜索步骤
    4.3  BLAST算法使用局部比对搜索的策略
    4.4  BLAST的搜索策略
    4.5  使用BLAST预测基因：找到新基因
    4.6  展望
    4.7  常见问题
    4.8  对学生的建议
    4.9  网络资源
  第5章  高级数据库搜索
    5.1  引言
    5.2  特殊BLAST的网站
    5.3  寻找远缘相关蛋白质：位置特异性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLAST
    5.4  谱搜索：隐马尔可夫模型
    5.5  用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA
    5.6  将二代测序读段与参考基因组比对

    5.7  展望
    5.8  常见问题
    5.9  给学生的建议
    5.10  网络资源
  第6章  多重序列比对
    6.1  引言
    6.2  五种主要的多重序列比对方法
    6.3  用标准数据集进行研究：方法，发现和挑战
    6.4  多重序列比对的数据库
    6.5  基因组区域的多重序列比对
    6.6  展望
    6.7  常见问题
    6.8  给学生的建议
  第7章  分子水平的系统发育和进化
    7.1  分子进化介绍
    7.2  分子系统发育与进化的法则
    7.3  分子系统发育：树的特征
    7.4  树的类型
    7.5  系统发育分析的五个步骤
    7.6  展望
    7.7  常见问题
    7.8  给学生的建议
    7.9  网络资源
第2部分  DNA、RNA和蛋白质在全基因组层次上的分析
  第8章  DNA：真核染色体
    8.1  引言
    8.2  真核生物基因组和染色体的一般特征
    8.3  真核生物染色体的DNA重复片段
    8.4  真核生物染色体的基因含量
    8.5  真核生物基因组的调控区域
    8.6  真核生物DNA的比较
    8.7  染色体DNA的变化
    8.8  测定染色体变化的技术
    8.9  展望
    8.10  常见问题
    8.11  给学生的建议
    8.12  网络资源
  第9章  二代测序数据的分析
    9.1  引言
    9.2  DNA测序技术
    9.3  二代测序的基因组DNA的分析
    9.4  二代测序的特定应用
    9.5  展望
    9.6  常见问题
    9.7  给学生的建议
    9.8  网络资源
  第10章  处理核糖核酸（RNA）的生物信息学工具
    10.1  引言
    10.2  非编码RNA
    10.3  信使RNA介绍

    10.4  微阵列和RNA-seq：全基因组层面的基因表达量测定
    10.5  RNA分析的解读
    10.6  展望
    10.7  常见问题
    10.8  给学生的建议
    10.9  网络资源
  第11章  基因表达：芯片和RNA-seq数据分析
    11.1  引言
    11.2  芯片分析方法1：NCBI的GEO2R工具
    11.3  芯片分析方法2：Partek软件
    11.4  芯片分析方法3：利用R分析GEO数据库
    11.5  芯片数据分析：描述性统计学方法
    11.6  RNA-seq
    11.7  芯片数据的功能注释
    11.8  展望
    11.9  常见问题
    11.10  对学生的建议
    11.11  推荐读物
  第12章  蛋白质分析和蛋白质组学
    12.1  引言
    12.2  蛋白质鉴定技术
    12.3  蛋白质的四个方面
    12.4  展望
    12.5  常见问题
    12.6  给学生的建议
    12.7  网络资源
  第13章  蛋白质结构
    13.1  蛋白质结构总结
    13.2  蛋白质结构原理
    13.3  PDB数据库（Protein Data Bank）
    13.4  蛋白质结构预测
    13.5  固有无序蛋白质（INTRINSICALLY DISORDERED PROTEINS）
    13.6  蛋白质结构与疾病
    13.7  展望
    13.8  常见问题
    13.9  给学生的建议
    13.10  推荐读物
  第14章  功能基因组学
    14.1  功能基因组学介绍
    14.2  用于功能基因组学研究的八种模式生物
    14.3  使用反向和正向遗传学的功能基因组学
    14.4  功能基因组和中心法则
    14.5  用蛋白质组学的方法研究功能基因组学
    14.6  展望
    14.7  常见问题
    14.8  给学生的建议
    14.9  推荐读物
第3部分  基因组分析
  第15章  生命树上的基因组
    15.1  引言

    15.2  优秀的互联网资源
    15.3  基因组测序计划：年表
    15.4  基因组分析计划：介绍
    15.5  基因组分析项目：测序
    15.6  基因组分析计划：组装
    15.7  基因组分析计划：注释
    15.8  展望
    15.9  常见问题
    15.10  给学生的建议
    15.11  推荐读物
  第16章  已完成测序的基因组：病毒基因组
    16.1  引言
    16.2  病毒的分类
    16.3  解决病毒学问题的生物信息学方法
    16.4  人类免疫缺陷病毒（HIV）
    16.5  流感病毒
    16.6  麻疹病毒
    16.7  埃博拉病毒
    16.8  疱疹病毒：从生殖细胞到基因表达
    16.9  巨病毒
    16.10  展望
    16.11  常见问题
    16.12  给学生的建议
    16.13  网络资源
  第17章  已完成测序的基因组：细菌和古细菌
    17.1  引言
    17.2  细菌和古细菌的分类
    17.3  人类微生物组
    17.4  细菌和古细菌的基因组分析
    17.5  细菌基因组比较
    17.6  展望
    17.7  常见问题
    17.8  给学生的建议
    17.9  网络资源
  第18章  真核生物基因组：真菌
    18.1  引言
    18.2  真菌的描述和分类
    18.3  对酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae ）的介绍
    18.4  酿酒酵母的基因倍增和基因组倍增
    18.5  半子囊菌类的比较分析
    18.6  真菌基因组分析
    18.7  展望
    18.8  常见问题
    18.9  给学生的建议
    18.10  网络资源
  第19章  真核基因组：从寄生生物到灵长类
    19.1  引言
    19.2  位于树底层的原生动物缺乏线粒体
    19.3  单细胞病原体的基因组：锥虫和利什曼原虫
    19.4  囊泡藻类（Chromalveolates）

    19.5  植物基因组
    19.6  后生动物底层附近的黏菌与子实体
    19.7  后生动物
    19.8  展望
    19.9  常见问题
    19.10  给学生的建议
    19.11  网络资源
  第20章  人类基因组
    20.1  引言
    20.2  人类基因组计划的主要结论
    20.3  获得人类基因组数据的门户网站
    20.4  人类基因组计划
    20.52  5条人类染色体
    20.6  人类基因组变异
    20.7  展望
    20.8  常见问题
    20.9  给学生的建议
    20.10  推荐读物
  第21章  人类疾病
    21.1  人类遗传疾病：DNA变异的结果
    21.2  疾病的种类
    21.3  疾病数据库
    21.4  鉴定疾病相关基因及其位点的方法
    21.5  模式生物中的人类疾病基因
    21.6  疾病基因的功能分类
    21.7  展望
    21.8  常见问题
    21.9  给学生的建议
    21.10  推荐读物
附录
  1.词汇表
  2.自我检测题答案

内容大纲

作者介绍

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