- 生物信息学实践教程
- - 作者：编者:蒋明//张慧娟|责编:秦瑕
  - 出版社：浙江大学
  - ISBN：9787308262019
  - 出版日期：2025/06/01
  - 页数：187
- 售价：15.6

内容大纲
生物学与信息科学是发展迅速、影响较大的两门学科，而这两门学科的交叉融合及交替发展形成了广义的生物信息学。生物信息学以其崭新的理念吸引了广大科学家的注意。近年来，各大高校陆续开设生物信息学课程，相关教材也不断涌现。编者吸取现有生物信息学教材的优点，结合所在院校及兄弟院校的实际情况以及学生的特点，编写了这本适合地方院校生物科学以及相关专业的教材。本书共设置了13个项目。
作者介绍
目录
项目一 Linux系统与生物信息学
  实验一 Linux发行版的选择及安装
  实验二 Linux命令行界面入门
  实验三 Linux生物信息学环境配置
项目二 R语言与生物信息学
  实验一安装与配置R语言
  实验二生物信息学常用R包安装及使用
  实验三 R语言的数据可视化
项目三生物数据库与检索
  实验一 NCBI数据库的操作
  实验二 TAIR数据库操作
  实验三 KEGG数据库检索
项目四序列比对
  实验一在线序列比对
  实验二本地序列比对
项目五 DNA序列分析
  实验一开放阅读框的预测
  实验二 CpG岛的预测
  实验三启动子的预测
  实验四密码子偏好性分析
项目六蛋白质序列分析
  实验一蛋白质的理化性质预测
  实验二蛋白质的亲疏水性预测
  实验三蛋白质的亚细胞定位预测
  实验四蛋白质的跨膜结构预测
  实验五蛋白质的二级结构预测
  实验六蛋白质的同源建模
项目七系统发育分析
  实验一利用MEGA构建系统发育树
  实验二利用IQ-TREE构建系统发育树
项目八基因家族分析
  实验一基因ID的获取
  实验二基因序列获取及结构域验证
  实验三基因家族染色体分布可视化
  实验四基因家族motif分析及可视化
  实验五基因家族基因结构可视化
  实验六基因家族表达模式分析
项目九转录组数据分析
  实验一 RNA-seq数据分析
  实验二单细胞RNA测序数据分析
项目十叶绿体基因组的组装与注释
  实验一利用NovoPlasty组装叶绿体基因组
  实验二利用GetOrganelle组装叶绿体基因组
  实验三叶绿体基因组的注释及可视化
项目十一基因组的组装及注释
  实验一利用Hifiasm组装contig水平的基因组
  实验二利用Juicer和3D-DNA组装染色体水平的基因组
  实验三利用BRAKER等软件进行蛋白序列的注释
项目十二比较基因组分析
  实验一利用OrthoFinder鉴定直系同源基因

  实验二利用IQ-TREE和ASTRAL软件构建物种树
  实验三利用r8s和CAFE分析基因家族扩张收缩事件
  实验四利用WCDI软件分析基因组共线性和基因组复制事件
项目十三群体遗传学数据分析
  实验一基因组重测序SNP数据集的构建
  实验二利用plink和ADMIXTURE分析种群结构
  实验三利用VCFtools计算遗传多样性参数
  实验四利用FASTME构建邻接树
参考文献

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