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内容大纲
随着生命科学进入“组学”时代，转录组学作为连接基因组遗传信息与蛋白质组功能执行的枢纽，已成为揭示生命现象核心规律的关键领域。其从整体水平研究细胞在特定状态下所有转录本的种类、数量和功能，为理解基因表达调控、细胞命运决定、疾病发生发展等生物学过程提供了前所未有的全局视角。本书旨在系统梳理转录组学研究的技术体系与方法学进展，为生命科学、医学及相关领域的科研人员和学生提供一份从基础到前沿、从理论到实践的实用指南。
本书在分析方法章节既包括适用于初学者的基本的、常规的分析方法和思路，也包括研究生等专业人士所需的高阶分析的思路和预测，力求内容全面、条理清晰、紧跟组学发展前沿，希望能成为初学者步入转录组学研究领域的得力工具，助力各位学者在探索生命奥秘的征程中不断取得新的突破。 -
作者介绍
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目录
第1章 转录组学概论
1 本章提要
2 转录组学的发展简史
2.1 早期发展
2.2 微阵列技术（Microarray Technology）的兴起
2.3 高通量测序技术
2.4第三代测序技术与单细胞转录组学的出现
2.5 空间转录组学的出现
3 转录组学的研究内容
3.1 基因表达定量分析
3.2 基因剪接变体分析
3.3 新转录本的发现与注释
3.4 转录调控网络的构建与分析
3.5 代谢通路与转录组数据的整合
3.6 单细胞转录组分析
3.7 长读段转录组测序
3.8 空间转录组学
3.9 表观转录组学
4 转录组学的研究趋势
4.1 高分辨率单细胞转录组学
4.2 空间转录组学
4.3 单细胞多组学联合分析
4.4 人工智能与机器学习在转录组学中的应用
4.5 转录组数据的标准化与共享
4.6 计算工具与生物信息学的发展
5 转录组学的学习方法
5.1 没有Linux、R语言和Python语言基础的学习路径
5.2 有Linux、R语言和Python语言基础的学习途径
5.3 小结
6 练习题
主要参考文献
第2章 转录组测序流程及方法
1 本章提要
2 转录组测序策略
2.1 Illumina系列测序仪
2.2 PacBio RSⅡ测序仪
2.3 Oxford Nanopore系列测序仪
2.4 华大智造系列测序仪
3 转录组测序的流程
3.1 RNA-Seq样品制备
3.2 文库构建
3.3 cDNA成簇扩增
3.4 高通量测序
3.5 片段化技术的使用
4 练习题
主要参考文献
第3章 转录组测序结果分析方法
1 本章提要
2 RNA-seq分析数据的基础构建
2.1 原始数据预处理与质控
2.2 参考序列比对
2.3 转录本定量
2.4 数据库注释
3 RNA-seq数据的核心解析
3.1 差异表达分析
3.2 功能富集分析
4 RNA-seq分析数据的系统挖掘
4.1 基因集富集分析
4.2 加权基因共表达网络分析
5 练习题
第4章 单细胞测序流程及方法
1 本章提要
2 单细胞检测的策略
2.1 特异性选择
2.2 非特异性选择
3 单细胞测序的分类
3.1 单细胞基因组测序
3.2 单细胞蛋白组测序
3.3 单细胞转录组测序
4 单细胞转录组测序流程
4.1 样本收集
4.2 单细胞捕获
4.3 cDNA扩增
4.4 高通量测序
4.5 数据分析
5 练习题
主要参考文献
第5章 单细胞测序结果分析方法
1 本章提要
2 准备使用的各种R包
3 Seurat对象的构建和信息提取
3.1 从CellRanger输出构建
3.2 h5文件构建
3.3 表达矩阵构建
4 数据预处理
5 数据质控和标准化
6 细胞周期分析以及归一化
7 利用harmony算法去除批次效应并细胞聚类
8 细胞类型注释、可视化以及细胞类型比例
9 拟时序分析
9.1 挑选适合的基因进行分析
9.2 降维
9.3 沿轨迹对细胞进行排序
9.4 细胞分化轨迹可视化
9.5 以树形图进行可视化
9.6 指定基因的可视化
9.7 沿时间轴的细胞密度图
9.8 通过拟时基因表达模式聚类
9.9 BEAM统计分析
10 练习题
主要参考文献
第6章 空间转录组测序流程及方法
1 本章提要
2 空间转录组测序的概念及特点
3 空间转录组技术类型
3.1 基于原位杂交的空间转录组技术
3.2 基于原位测序的空间转录组技术
3.3 基于空间分割的空间转录组技术
3.4 基于空间条形码的空间转录组技术
4 商业化空间转录组测序平台技术原理及实验流程
4.1 10×Genomics Visium空间转录组测序平台
4.2 NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP)空间组学平台
5 应用与展望
6 练习题
主要参考文献
第7章 空间转录组测序结果分析方法
1 本章提要
2 空间转录组测序数据预处理
2.1 输入序列文件准备
2.2 输入图像文件准备
2.3 图像对齐
3 空间转录组测序数据下游分析
3.1 数据质控与量化处理
3.2 基础分析
3.3 进阶分析方法
4 结语
5 练习题
第8章 多组学联合分析方法
1 本章提要
2 多组学联合分析的概念及分类
2.1 基于统计方法的关联分析
2.2 基于代谢通路的关联分析
3 表观组学和转录组学联合分析
3.1 寻找共有基因
3.2 功能富集分析
3.3 基因组可视化图谱
3.4 基因调控网络
4 单细胞联合常规组学或空间转录组分析
5 练习题
主要参考文献
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