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内容大纲
网络药理学是大数据和人工智能时代药物系统性研究的新兴交叉学科，强调从系统层次和生物网络的整体角度出发，解析药物及其治疗对象之间的分子关联规律。该学科既体现了疾病和药物系统性研究的新趋势，又符合中医药的整体思维与实践，为系统理解药物和疾病相互作用机制、中医药复杂体系研究、新药研发与评价等提供新思路、新方法、新技术，有望促进中西医药研究从“还原论”到“系统论”的发展，推动建立“下一代药物研究模式”。
本书以“网络靶标—系统调节”理论、方法与应用实践为主线，全面阐述网络药理学的发展历程、网络靶标核心理论、主要研究方法、研究案例、实践流程。全书共分为9章：第1章介绍网络药理学概念与理论以及发展历史；第2、3、4章分别介绍基于人工智能算法的网络药理学在药物研发中的应用、网络药理学的常用数据库与常用软件；第5、6章分别介绍基于网络药理学的中医药现代化、现代药物研究的典型案例；第7、8、9章分别介绍基于药物、疾病的网络药理学实践流程。
本书可作为高等学校中药药理学、药理学、中医学、中药学、中西医结合等专业“网络药理学”课程的教材，也可作为网络药理学、系统生物学、生物信息学、网络科学、信息与生命科学交叉学科的教学参考书。 -
作者介绍
李梢，医学博士，清华大学自动化系长聘教授、生命学院兼职教授、博导、清华大学北京市中医药交叉研究所所长，国家杰出青年科学基金获得者、国家万人计划领军人才、世界中医药学会联合会网络药理学会会长、国家非遗“张一帖”第15代中医传人。1999年提出从生物分子网络角度研究中医药科学内涵的假说，通过交叉学科的艰苦探索和不懈努力，开辟中医药网络药理学研究方向，并在理论、方法和应用上取得系列重要成果。主持国家基金重点、重大研究计划等项目10余项，在Cell子刊等发表190余篇论文，被引用6000余次，多篇论文被评为F1000杰出论文、Nature China亮点论文，拥有国内外专利30余项，领衔制定网络药理学第一个国际标准。成果入选2021中医药十大学术进展、2019中国生物信息学十大应用、2019中华中医药学会十大学术热点、2014世界中医药十大新闻。获中医药国际贡献奖一等奖、李时珍医药创新奖、国家科技进步二等奖、国家教学成果二等奖、2020中国全面小康十大杰出贡献人物等奖励，被国内外学者评价为中医药网络药理学的“开拓者”。 -
目录
第1章 网络靶标理论与网络药理学
1.1 网络药理学：下一代药物研究模式
1.2 中医药在网络药理学起源和发展中的关键作用
1.3 网络药理学核心理论：网络靶标
1.3.1 网络靶标理论的提出与发展
1.3.2 网络靶标的概念
1.4 网络药理学研究模式和特点概述
1.4.1 “单靶标-局部对抗”研究模式
1.4.2 “网络靶标-系统调节”研究模式
1.4.3 网络药理学分析典型场景
1.4.4 网络药理学研究特点、挑战及发展方向
参考文献
第2章 基于人工智能算法的网络药理学在药物研发中的应用
2.1 运用于网络药理学的人工智能方法介绍
2.1.1 人工智能算法简介
2.1.2 人工智能算法性能评价方法
2.1.3 人工智能方法应用条件
2.1.4 人工智能方法的前沿和展望
2.2 人工智能在网络药理学研究中的应用
2.2.1 药物靶点的预测和发现
2.2.2 药物作用机制的研究
2.2.3 药物新用途的发现
2.2.4 中药物质基础与中医治疗理论的研究
2.3 人工智能方法的应用展望
参考文献
第3章 网络药理学常用数据库
3.1 网络药理学常用中医药数据库
3.1.1 ETCM：中医药百科全书
3.1.2 SymMap：关注证候关联的中医药整合数据库
3.1.3 BATMAN-TCM：中药分子机制的生物信息学分析平台
3.1.4 TCMID：用于中药分子机制分析的中医药整合数据库
3.1.5 其他中医药数据库
3.2 网络药理学常用生物相关数据库
3.2.1 OMIM：人类孟德尔遗传病在线数据库
3.2.2 HPO：人类表型本体数据库
3.2.3 DisGeNET：疾病基因关联数据库
3.2.4 MalaCards：疾病信息数据库
3.3.1 TTD：治疗靶标数据库
3.3 网络药理学常用靶标相关数据库
3.3.2 PDB：蛋白质晶体结构数据库
3.3.3 GeneCards：基因信息数据库
3.3.4 KEGG：京都基因与基因组百科全书
3.4 网络药理学常用蛋白相互作用数据库
3.4.1 BioGRID：生物学通用相互作用数据库
3.4.2 DIP：蛋白质相互作用数据库
3.4.3 IntAct：分子相互作用数据库
3.4.4 STRING：基因/蛋白相互作用关系数据库
参考文献
第4章 网络药理学常用软件
4.1 网络药理学软件功能框架及分类
4.1.1 总体软件功能需求
4.1.2 网络药理学软件功能框架及分类
4.2 网络药理学常用的Web软件
4.2.1 药物靶标预测Web软件
4.2.2 药物适应症分析Web软件
4.2.3 基因功能富集分析Web软件
4.2.4 蛋白相互作用网络构建Web软件
4.3 基于图形化界面操作的软件
4.3.1 差异基因富集分析软件
4.3.2 网络分析软件
4.4 基于编程语言的工具包
4.4.1 C++、Java工具包的使用
4.4.2 Python、R工具包的使用
参考文献
第5章 网络药理学和中医药现代化研究案例
5.1 网络药理学与中医证候研究案例
5.1.1 寒、热证候及对证方剂的网络药理学研究案例分析
5.1.2 慢性乙型肝炎致肝纤维化的“同病异证”研究案例分析
5、2网络药理学与中药方剂研究案例
5.3 网络药理学与中药创制研究案例
5.4 网络药理学与民族药研究案例
参考文献
第6章 网络药理学与现代药物研发案例
6.1 复杂疾病内在机制和干预靶标
6.2 药物系统性作用机制
6.3 多靶标药物研发
6.3.1 缺血性中风：从单一药物靶标到协同的网络药理学
6.3.2 联合网络药理学与表型筛选开发新的止痛类药物
6.4 药物重新定位
6.4.1 基于网络的药物重定位预测及基于人群的验证
6.4.2 基于网络药理学的药物重定位发现新的抗抑郁药物
6.5 组合药物研发
参考文献
第7章 基于药物的网络药理学实践流程
7.1 寻找单味中药或方剂的有效成分
7.1.1 数据采集与处理
7.1.2 网络构建与可视化
7.1.3 网络分析与预测
7.1.4 验证与总结
7.2 阐述单味中药或方剂的药效机制
7.2.1 数据采集与处理
7.2.2 网络构建与可视化
7.2.3 网络分析与预测
7.2.4 验证与总结
7.3 诠释中药配伍理论的科学内涵
7.3.1 数据采集与处理
7.3.2 网络构建与可视化
7.3.3 网络分析与预测
7.3.4 验证与总结
7.4 解释中药与西药之间的相互作用
7.4.1 数据采集与处理
7.4.2 网络构建与可视化
7.4.3 网络分析与预测
7.4.4 验证与总结
7.5 药物临床应用的重定位——中药成分保护脑缺血再灌注损伤的新用途
7.5.1 数据采集与处理
7.5.2 网络构建与可视化
7.5.3 网络分析与预测
7.5.4 验证与总结
7.6 多靶点药物的开发——中药配伍保护低密度脂蛋白诱导的内皮细胞损伤
7.6.1 数据采集与处理
7.6.2 网络构建与可视化
7.6.3 网络分析与预测
7.6.4 验证与总结
参考文献
第8章 基于疾病的网络药理学实践流程
8.1 冠心病疾病网络构建及分析
8.1.1 数据采集与处理
8.1.2 网络构建与可视化
8.1.3 网络分析与预测
8.1.4 验证与总结
8.2 疾病网络用于中药方剂的研究实践
8.2.1 中药方剂的整合作用机制研究
8.2.2 中药方剂的“君臣佐使”配伍规律研究
8.2.3 中药方剂的“益气、活血”功效研究
参考文献
第9章 基于药物-疾病的网络药理学实践流程
9.1 化橘红治疗呼吸系统疾病的网络药理学研究
9.1.1 化橘红治疗呼吸系统疾病的作用靶点预测
9.1.2 化橘红治疗呼吸系统疾病的作用靶点验证
9.1.3 化橘红治疗呼吸系统疾病的调控网络分析
9.2 丹红注射液治疗心血管疾病的网络药理学研究
9.2.1 丹红注射液治疗心血管疾病的作用靶点预测
9.2.2 丹红注射液治疗心血管疾病的作用靶点验证
9.2.3 丹红注射液治疗心血管疾病的调控网络分析
参考文献
附录A 网络药理学评价方法指南
附录B 网络药理学评价要素与评价指标
附录C 网络药理学研究报告示例
后记
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