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内容大纲
为促进泡桐种质资源创制及产业发展,本书紧扣学科发展前沿,重点总结了泡桐遗传育种学方面的新研究成果。《现代泡桐遗传育种学》内容主要分为四个部分:第一部分介绍了泡桐的分布及种类;第二部分阐述了组学技术在泡桐研究中的应用;第三部分揭示了泡桐速生及丛枝植原体致病的分子机制;第四部分概述了泡桐体外植株再生体系,并阐明了四倍体泡桐优良特性形成的分子机理。
本书可供林学等相关专业的本科生、研究所、教师和从事相关研究的科研人员参考。 -
作者介绍
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目录
序
前言
第一部分 泡桐的分布及种类
第一章 泡桐的分布及形态特征
第一节 泡桐的地理分布
一、泡桐在中国的分布
二、泡桐在其他国家的分布与引种栽培
第二节 不同种泡桐的形态特征
一、白花泡桐Paulownia fortunei(Seem)Hemsl
二、楸叶泡桐Paulownia catalpifolia T.Gong ex D.Y.Hong
三、山明泡桐Paulownia lamprophylla Z.X.Chang et S.L.Shi
四、兰考泡桐Paulownia elongata S.Y.Hu
五、鄂川泡桐Paulownia albiphloea Z.H.Zhu
六、台湾泡桐Paulownia kawakamii Ito
七、川泡桐Paulownia fargesiiFranch
八、南方泡桐Paulownia australis Gong Tong
九、毛泡桐Paulownia tomentosa(Thunb.)Steud
参考文献
第二部分 组学技术在泡桐研究中的应用
第二章 泡桐基因组及遗传图谱
第一节 泡桐基因组组装及注释
一、泡桐核基因组大小
二、泡桐细胞核基因组组装
三、泡桐基因组完整性评估
四、泡桐核基因组注释
第二节 泡桐染色质三维图谱及特征
一、Hi-C文库制备和测序
二、高分辨率染色质三维图谱构建
三、泡桐染色质三维结构分析
四、泡桐染色质三维模型构建
第三节 泡桐基因组进化及全基因组复制事件
一、泡桐基因家族分析
二、唇形目物种系统发育
三、泡桐基因组家族收缩与扩张
四、泡桐全基因组复制事件
第四节 泡桐亚基因组构建及染色体重构
一、泡桐亚基因组构建
二、泡桐亚基因组比较分析
三、泡桐染色体重构
第五节 泡桐高密度遗传图谱构建
一、RAD文库构建及测序
二、个体单核苷酸多态性分析及基因分型
三、遗传连锁图谱构建
四、基因组长度的估计和图谱覆盖度的估计
参考文献
第三章 白花泡桐基因组重注释
第一节 白花泡桐蛋白质组草图绘制
一、白花泡桐非冗余蛋白基因组数据库构建
二、白花泡桐蛋白质组草图绘制
三、白花泡桐非编码基因分析
第二节 白花泡桐基因组重注释
一、白花泡桐基因组中新蛋白质编码基因的鉴定
二、白花泡桐基因组中基因结构模型修正
三、白花泡桐基因组中可变剪接鉴定
四、白花泡桐基因组中单氨基酸突变鉴定
参考文献
第四章 9种泡桐基因组重测序及变异位点分析
第一节 9种泡桐基因组重测序
一、数据评估与比对
二、数据质量评估
第二节 9种泡桐基因组变异位点分析
一、单核苷酸多态性的检测和注释
二、大效应SNP的检测
三、插入缺失标记的检测和注释
四、结构变异的检测和注释
五、9种泡桐的聚类分析
参考文献
第五章 泡桐叶绿体基因组
第一节 泡桐叶绿体基因组特征分析
一、叶绿体基因组组装与注释
二、叶绿体基因组结构组成分析
第二节 泡桐叶绿体基因组比对及进化关系分析
一、泡桐属叶绿体基因组全序列比对分析
二、泡桐叶绿体基因组IR区域收缩与扩张
三、泡桐属系统发育分析
参考文献
第六章 泡桐内源性竞争RNA
第一节 泡桐转录组
一、泡桐转录组测序数据统计和分析
二、基因组比对和分析
第二节 泡桐miRNA
一、泡桐miRNA的鉴定
二、泡桐miRNA靶基因的预测及分析
第三节 泡桐lncRNA
一、泡桐lncRNA的鉴定
二、泡桐lncRNA靶基因的鉴定及分析
三、泡桐mRNA和lncRNA特征的比较
第四节 泡桐circRNA
一、泡桐circRNA的鉴定
二、泡桐circRNA-hosting基因的鉴定及分析
第五节 泡桐ceRNA网络
一、泡桐ceRNA构建
二、泡桐ceRNA网络功能分析
参考文献
第七章 泡桐蛋白质组
第一节 泡桐总蛋白质鉴定及功能分析
一、泡桐定量蛋白质组学基本信息
二、泡桐组蛋白和非组蛋白鉴定
三、泡桐蛋白质功能分析
第二节 泡桐组织特异性蛋白质功能
一、泡桐组织特异性蛋白质鉴定
二、泡桐组织特异性蛋白质功能
参考文献
第三部分 泡桐速生及丛枝植原体致病的分子机制
第八章 泡桐速生机理
第一节 泡桐生物学特性
一、泡桐的年生长量
二、泡桐的光合特性
第二节 泡桐的C3光合途径
一、泡桐与C3和C4植物光合作用及泡桐碳同位素δ13C检测
二、泡桐叶脉的解剖结构分析
三、泡桐叶肉细胞卡尔文循环相关基因昼夜表达分析
第三节 泡桐的CAM代谢途径
一、泡桐叶片昼夜气孔开关分析
二、泡桐CAM碳固定途径关键基因鉴定
三、泡桐CAM关键基因表达及酶活性的昼夜差异
第四节 泡桐生长速率相关基因家族分析
一、植物激素及细胞周期相关基因家族分析
二、次生壁形成相关基因家族分析
参考文献
第九章 泡桐对丛枝植原体入侵的分子响应
第一节 泡桐幼苗形态变化和丛枝植原体含量之间的关系
一、泡桐丛枝植原体
二、不同试剂处理条件下白花泡桐幼苗表型变化
三、不同条件下白花泡桐幼苗丛枝植原体含量测定
第二节 植原体入侵对泡桐幼苗基因表达的影响
一、PacBioRSII测序数据统计分析和质量评估
二、可变剪接分析
三、泡桐丛枝植原体对泡桐基因表达的影响
四、丛枝病发生相关转录本的qRT-PCR分析
第三节 植原体入侵对泡桐幼苗蛋白质表达的影响
一、样品质量评估和重复性检验
二、PaWB植原体对泡桐蛋白质表达的影响
三、差异蛋白的KEGG通路富集分析
第四节 植原体入侵对泡桐幼苗代谢物的影响
一、代谢物鉴定和PCA分析
二、植原体入侵对泡桐幼苗代谢物含量的影响
三、转录组和代谢组关联分析
参考文献
第四部分 泡桐体外植株再生体系及四倍体泡桐优良特性形成的分子机理
第十章 泡桐体外植株高效再生体系
第一节 泡桐器官发生植株再生
一、毛泡桐器官发生植株再生
二、南方泡桐器官发生植株再生
三、白花泡桐器官发生植株再生
四、兰考泡桐器官发生植株再生
五、‘豫杂一号’泡桐器官发生植株再生
六、泡桐体外再生苗的移栽
第二节 泡桐丛枝病苗体细胞植株再生
一、毛泡桐丛枝病苗体细胞植株再生
二、白花泡桐丛枝病苗体细胞植株再生
三、‘豫杂一号’泡桐丛枝病苗体细胞植株再生
第三节 泡桐体细胞胚胎发生植株再生
一、胚性愈伤组织诱导培养基的筛选
二、泡桐体细胞胚胎发生
第四节 泡桐悬浮细胞系的获得及植株再生
一、基本培养基的筛选
二、泡桐悬浮细胞的获得
三、泡桐悬浮细胞的植株再生
参考文献
第十一章 四倍体泡桐种质创制与新品种培育
第一节 四倍体泡桐种质创制研究
一、泡桐无菌苗的获得
二、四倍体泡桐的诱导
三、四倍体泡桐的鉴定
第二节 四倍体泡桐植株再生体系建立
一、四倍体毛泡桐植株再生体系的建立
二、四倍体白花泡桐植株再生体系的建立
三、四倍体兰考泡桐植株再生体系的建立
四、四倍体南方泡桐植株再生体系的建立
五、四倍体‘豫杂一号’泡桐植株再生体系的建立
第三节 四倍体泡桐新品种培育
一、四倍体泡桐繁殖和栽培技术
二、四倍体泡桐区域试验
三、四倍体泡桐推广应用前景
参考文献
第十二章 四倍体泡桐特性
第一节 四倍体泡桐生物学特性
一、四倍体泡桐器官形态
二、四倍体泡桐光合特性
三、四倍体泡桐生长特性
第二节 四倍体泡桐的抗寒性
一、四倍体毛泡桐的抗寒性
二、四倍体白花泡桐的抗寒性
三、四倍体南方泡桐的抗寒性
四、四倍体兰考泡桐的抗寒性
五、四倍体‘豫杂一号’泡桐的抗寒性
六、四倍体泡桐的抗寒性分析
第三节 四倍体泡桐的抗旱性
一、干旱胁迫对四倍体泡桐叶片可溶性糖含量和脯氨酸含量的影响
二、干旱胁迫对四倍体泡桐叶片叶绿素含量和相对含水量的影响
三、干旱胁迫对四倍体泡桐叶片丙二醛含量和相对电导率的影响
四、干旱胁迫对四倍体泡桐叶片SOD活性和可溶性蛋白含量的影响
五、四倍体泡桐抗旱性的综合评价
第四节 四倍体泡桐的耐盐性
一、盐胁迫处理对四倍体泡桐叶片可溶性糖和脯氨酸含量的影响
二、盐胁迫处理对四倍体泡桐叶片叶绿素含量和相对含水量的影响
三、盐胁迫处理对四倍体泡桐叶片丙二醛含量和相对电导率的影响
四、盐胁迫处理对四倍体泡桐叶片SOD活性和可溶性蛋白含量的影响
五、四倍体泡桐耐盐性的综合评价
第五节 四倍体泡桐木材理化特性
一、四倍体泡桐木材物理力学性能
二、四倍体泡桐木材化学性质
三、四倍体泡桐木材的白度和基本密度
四、四倍体泡桐木材的干缩性
参考文献
第十三章 四倍体泡桐优良特性的分子机理
第一节 四倍体泡桐SSR和AFLP分析
一、建立泡桐SSR分子标记体系
二、建立泡桐AFLP分子标记体系
三、4种四倍体泡桐的SSR和AFLP分析
第二节 四倍体泡桐的DNA甲基化分析
一、建立四倍体泡桐MSAP(甲基化敏感扩增多态性)体系并筛选引物
二、优化四倍体泡桐MSAP选择性扩增反应体系
三、筛选四倍体泡桐MSAP选择性扩增引物
四、四种泡桐基因组DNA甲基化分析
第三节 四倍体泡桐的转录组
一、四倍体毛泡桐转录组
二、四倍体白花泡桐转录组
三、四倍体南方泡桐转录组
四、四倍体‘豫杂一号’泡桐转录组
第四节 四倍体泡桐蛋白质组学
一、‘豫杂一号’泡桐四倍体蛋白质组
二、白花泡桐四倍体蛋白质组
三、南方泡桐四倍体蛋白质组
四、毛泡桐四倍体蛋白质组
第五节 四倍体泡桐microRNA
一、四倍体毛泡桐microRNA
二、四倍体白花泡桐mi
三、四倍体南方泡桐microRNAs
四、四倍体‘豫杂一号’泡桐microRNA
第六节 四倍体泡桐抗旱与抗盐胁迫分子机理
一、四倍体泡桐抗旱分子机理
二、四倍体泡桐抗盐胁迫分子机理
参考文献
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